История церкви Вознесения Господня началась в конце XVII века,
когда Данилову монастырю, одному из старейших монастырей Москвы, был
выделен участок под строительство. Участок находился за
Серпуховскими воротами в Земляном городе. Первая церковь была
построена из дерева, и первым делом был освящен боковой неф в честь
девяти мучеников, погибших в городе Кизике в конце III века.
Освящение главного алтаря состоялось в 1700 году.
Сразу после
постройки церковь была перестроена в камне, средства на которую
пожертвовали сын Петра I Алексей и его первая жена Евдокия Лопухина.
Строительство началось в 1708 году, но уже через десять лет Алексей
был обвинен в государственной измене и попытке захвата власти,
заключен в Петропавловскую крепость, подвергнут пыткам. Там он и
умер - то ли от последствий пыток, то ли от тайного убийства. В
связи с этим строительство церкви было приостановлено. Верхний храм
и колокольня были построены частично, а нижний храм был освящен
вместе с пристроенной часовней девяти мучеников Кизических и Алексия
человека Божия.
В середине XVIII в. прихожанам удалось
получить разрешение на сбор пожертвований для завершения
строительства храма, и в 1762 г. здание было достроено и освящено.
Незадолго до этого рядом с церковью был построен каменный монастырь.
В XIX веке внешнее и внутреннее убранство церкви постоянно
улучшалось. Помимо строительства новой трапезной, был заново
оштукатурен фасад, обновлена позолота креста и установлена глава
креста над новым приделом. В конце века стены церкви были расписаны
в духе позднего классицизма.
Часовня и колокольня были
разрушены, а в старой церкви были открыты государственные
учреждения.
В 1990-х годах здание было возвращено Русской
Православной Церкви, и уже через год начались реставрационные работы
по восстановлению здания и его элементов. Через несколько лет в
храме был открыт детский дом и построена часовня святой
равноапостольной княгини Ольги.