Бари, вероятно, был основан греками под предводительством Пекция. Когда он попал под римское владение в 3 веке до н.э. после войны с Пирром, он развился благодаря своему стратегическому положению как точка соединения между прибрежной дорогой Виа Траяна и морскими торговыми маршрутами на восток. Гавань Бари впервые упоминается еще в 181 году до нашей эры как один из крупных портов под названием Бариум. Первым историческим епископом Бари был Гервасий, который присутствовал на Сардийском соборе в 347 году. Епископы были частью Константинопольского Патриархата до 10 века.
После разрушений готических войн под властью
Лонгобара был создан набор письменных правил, «Консуэдина», которые
влияли на подобные письменные конституции в других южных городах. До
прихода норманнов Бари продолжал управляться Лонгобардами и
Византийцами. На протяжении всего этого периода, и даже на
протяжении всего средневековья, Бари служил одним из основных
рабских портов Средиземного моря, обеспечивая центральное место для
торговли славянскими рабами. Рабы были в основном захвачены Венецией
в Далмации, Священной Римской империи из нынешней Пруссии и Польши и
византийцами из других мест на Балканах. Многих славянских рабов
покупали мусульманские государства окружающие Средиземное море:
Халифат Аббасидов, Халифат Омейядов Кордовы, Эмират Сицилии и
Халифат Фатимидов. На рынках Бари они пополняли свои легионы
сакалабских мамлюков. Торговля славянами была настолько широкой, что
некоторые филологи считают, что слово "славянин" стало синоним
"раба". Так например в английским "slave" то есть раб очень похож на
слово "Slav" или славянин.
В течение 20 лет Бари был центром
Эмирата Бари; город был захвачен его первыми эмирами Калфун в 847
году, который был частью наемного гарнизона, установленного там
Радельчисом I Беневенто. Город был завоеван христианами, а Эмират
был уничтожен в 871 году благодаря усилиям Императора Луи II и
византийского флота. Крис Уикхем утверждает, что Луис провел пять
лет, пытаясь подорвать эмират, а затем захватить Бари, и то
благодаря «византийской / славянской военно-морской блокады». Однако
«Луис взял на себя ответственность» за успех, добавив престижа «по
крайней мере в глазах франков». В 885 году Бари стал резиденцией
местного византийского катапана или губернатора. Неудачное восстание
(1009-1011) лоббардовских дворян Мелуса Бари и его зятя Даттуса
против византийского владения было решительно разбито в битве при
Каннах (1018 г.). Однако норманские наемники, приглашенные
заговорщиками, остались в региона. В 1025 году при Архиепископе
Византии Бари присоединился к Риму и
получил статус «провинциала».
В 1071 году Бари был захвачен
Робертом Гвискаром после трехлетней осады. Майо из Бари (умер 1160
года), сын ломбардного торговца, был третьим из великих адмиралов
норманской Сицилии. Базилика ди Сан Никола была построена в 1087
году для хранения мощей святого Николая, которые были тайно
привезены из Миры в Ликии, на византийской территории. Кафедральный
собор Бари стал центральным для экономики Бари. В 1095 году Петр
Отшельник проповедовал здесь. Благодаря его проповеди большая группа
крестоносцев отправились в Святую Землю во время первого Крестого
Похода. В октябре 1098 года Урбан II, освятивший Базилику в 1089
году, созвал Совет Бари, один из ряда синодов, созванных с целью
примирения греков и латинян по вопросу о филиокской оговорке в
Символе веры ("Верую во единого Господа вседержителя" и так далее).
Греки не приняли Латинского толкования и Великий раскол между
католиками и православными стал неизбежен.
В 1117 году в Бари
началась гражданская война с убийством архиепископа Рисо. Контроль
над Бари был всят Гримоальдом Алферанитом из Ломбарди, и он был
избран правителем в оппозиции против норманнов. К 1123 году он
установил связи с Византией и Венецией
и взял титул принципа (gratia Dei et beati Nikolai barensis
princeps). Гримоалд увеличил культ святителя Николая в своем городе.
Позднее он подчинился Роджеру II Сицилии, но восстал и потерпел
поражение в 1132 году.
Бари был занят византийцами и Михаилом
I Комненосом между 1155 и 1158. В 1246 году Бари был захвачен и
снесен Фридрихом II, императором Священной Римской империи и короля
Сицилии Он построил крепость Бариса, но впоследствии она была
разрушена несколько раз. Бари восстанавливался каждый раз.
Изабелла д'Арагона, принцесса Неаполя и вдова герцога Иоанна Галеаццо Сфорца из Милана, расширила замок, который она сделала резиденцией 1499-1524 гг. После смерти в Бари её дочери Боны Сфорцы герцогство вернулось в состав Неаполитанского королевства. Бари был перестроен зятем Наполеона Иоахима Мурата. Будучи Наполеоновским королем Неаполя, Мурат приказал построить новый район города в 1808 году. Тогда был заложен рационалистический план городской сетки, который сегодня носит имя Мураттано (т.е. Мурата). Благодаря этому стимулу Бари превратился в самый важный портовый город региона.
В первой половине 20- го века часть Бари было перестроеное. Наследие Муссолини можно увидеть в великолепной архитектуре вдоль набережной. 11 сентября 1943 года в связи с перемирием Кассибиле Бари был взят без сопротивления британской 1-й воздушно-десантной дивизией в октябре 1943 года, новозеландские войска из 2-го новозеландского дивизиона квартировались в Бари. Балканские ВВС, поддерживающие югославских партизан, базировались в Бари.
В ходе Второй Мировой войны Бари стал одним из
немногих мест, где использовалось химическое оружие. В ночь на 2
декабря 1943 года 105 немецких бомбардировщиков «Юнкерс-88» напали
на порт Бари, который был ключевым центром снабжения союзных войск,
пробивающихся по итальянскому полуострову. Более 20 кораблей
союзников стояли в переполненной гавани, в том числе корабль США
Джон Харви, в котором перевозился горчичный газ. Также сообщалось,
что горчичный газ был уложен на причале, ожидающем транспорта
(химический агент был предназначен для возмездия, если немецкие
войска начнут химическую войну.) Наличие газа было засекречено, а
США не сообщили британским военным властям города о его
существование. Бомбы попалии во множество торговых кораблей
союзников, включая в корабль Джон Харви. Британские врачи, которые
не подозревали, что они имеют дело с горчичным газом и не смогли
провести правильное лечения в первые часы атаки. Поскольку спасатели
не знали о том, что они имели дело с ядовитым газом, многие
спасатели сами стали жертвами, путем контакта с загрязненной кожей и
одеждой тех, кто более непосредственно подвергался воздействию газа.
После нападения гавань была закрыта для операций в течение трех
недель. Бари не вернулся на полную мощность до февраля 1944 года.
Сотрудник медицинского штаба США генерал Дуайт Д. Эйзенхауэр
Стюарт Ф. Александр был отправлен в Бари после рейда. Александр
тренировался в арсенале Арджуна в Нью-Джерси, и был знаком с
некоторыми эффектами горчичного газа. Хотя он не был проинформирован
о грузе, перевозившемся Джоном Харви, и большинство жертв страдали
от атипичных симптомов, вызванных воздействием газа, разбавленной
водой и маслом (в отличие от воздушного распространение), Александр
быстро пришел к выводу, что горчичный газ присутствовал в
инцинденте. Несмотря на то, что он не мог получить никакого
подтверждения от Американского командования, Александр убедил
медицинские штабы лечить пациентов от воздействия горчичного газа и
в результате чего он спас много жизней. Он также сохранил много
образцов ткани от вскрытых жертв в Бари. После Второй мировой войны
эти образцы приведут к разработке ранней формы химиотерапии на
основе горчичного газа, препарат известный как Мустин.
По
приказу лидеров союзников Франклина Д. Рузвельта, Уинстона Черчилля
и Эйзенхауэра записи и доклады были уничтожены, и все это дело было
скрыто в течение многих лет после войны. Документы США об атаке были
рассекречены лишь в 1959 году, но эпизод оставался мало известным до
1967 года, когда писатель Гленн Б. Инфилд раскрыл эту историю в
своей книге «Бедствие в Бари». Кроме того, существует значительный
спор относительно точного числа погибших. В одном счете: «шестьдесят
девять смертей были отнесены полностью или частично к горчичному
газу, большинство из которых являются американскими торговыми
моряками». Другие полагают, что список жертв насчитывает более
тысячи военнослужащих союзников и более тысячи итальянских
гражданских лиц.
Часть путаницы и споров проистекает из того
факта, что немецкая атака, получившая прозвище «Маленький Перл
Харбор» по ассоциации с японской воздушной атакой на американскую
военно-морскую базу на Гавайях, была самой разрушительной сама по
себе, помимо эффектов газа. Атрибуция причин смерти ядовитым газам,
в отличие от непосредственных последствий немецкой атаки, оказалась
далеко не простой. В 1988 году благодаря усилиям Ника Т. Спарка,
сенаторов США Денниса Декончини и Билла Брэдли, д-р Стюарт Александр
получил признание от генерального хирурга армии Соединенных Штатов
за его действия во время катастрофы в Бари.