Францисканская церковь Шкодера была построена в первой половине XX века как одна из самых важных и крупнейших римско-католических церквей в городе. Собрание Гюхадол было основано в 1861 году епископом Шкодерским, францисканцем Луиджи Чюрчиа. Нынешнее здание было начато в 1875 году по проекту архитектора П. Томасом Маркоци, и продолжена в 1878 году П. Жаном Пьером Феррари. Из-за препятствий со стороны османских властей завершение строительства церкви было отложено до тех пор, пока 4 февраля 1902 года султан Абдил Хамид II не издал приказ.
Приход Гжухадола было основано в 1861 году епископом Шкодры Луиджи Чюрчи, францисканцем. Нынешнее здание было начато в 1875 году П. Томе Маркочи, а церковь была начата в 1878 году П. Гьян Пьер Феррари. Препятствия со стороны османских властей задержали завершение строительства церкви до 4 февраля 1902 года, когда султан Абдил Хамид II издал указ. Братья Франческ Мелькиори и Лоренц Митрович были назначены собирать милостыню для помощи в строительстве. И церковь, и собрание были спроектированы о. Ансельма (ум. 25 марта 1891 г.), но когда работы возобновились в 1902 г., этот проект затронул французский инженер Агустин Бриотт. Таким образом, работа церкви и собрания была завершена в 1905 году.
В 1947 году вскоре после того, как Албания попала под режим коммунистического атеизма, францисканская церковь Шкодра попала под удар от нового правительства. Священник прихода был обвинен в вооруженном мятеже. Во время поддельного поиска здания был обнаружен тайник оружия. На самом деле Францисканская церковь служила местом хранения оружия для албанской секретной полиции. Когда священник узнал об этом, он попытался протестовать. За, что и был арестован.
Впоследствии Францисканская церковь была закрыта. Однако в 1990 году она была вновь открыта и возвращена верующим. Здание было реконструировано и было добавлено несколько новых фресок. Это включает в себя некоторые картины антикоммунистической ориентации. Башня церкви и задний флигель отреставрировали в 2007 году.